PANGEA wurde 2000 als Projekt des Kulturvereins MEDEA ins Leben gerufen und wird seit 2005 als eigenständiger Verein geführt. MEDEA wurde 1998 von der Medienpädagogin und bildenden Künstlerin Andrea Reisinger gegründet. Namensgeber*in für den Verein war der Superkontinent Pangaea. Auf Initative der Aktivist*innen von „zuagroast“ (ein MEDEA-Projekt) entstand die interkulturelle Medienwerstätte PANGEA. Mit alten, geschenkten Rechnern und viel ehrenamtlichem Engagement wurde ein multifunktionales Computernetzwerk aufgebaut, das von Jugendlichen unterschiedlicher kultureller Herkunft genutzt wurde.
2002 wurde mit einem eigenen Mädchentag sowie Workshops zu feministisch und genderorientierten Themen außerdem ein Schwerpunkt auf junge Frauen gesetzt.
2005 fand aufgrund finanzieller Schwierigkeiten für einige Monate lediglich ein Notbetrieb statt.
Im selben Jahr wurde dem Verein MEDEA und der Medienwerkstatt PANGEA der Große Landespreis für Kunst im interkulturellen Dialog für den Aufbau und die Arbeit von PANGEA verliehen.
2007 erhielten MEDEA und PANGEA den Förderungspreis für Projekte der Kunst im sozialen Raum vom Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft und Forschung in Anerkennung der künstlerisch-partizipativen Tätigkeit. Die zwei genannten sowie zahlreiche weitere Preise ermöglichten erst die ausreichende Finanzierung des Vereins.
Anfang 2008 wurde neben dem Basisbetrieb das kulturelle Angebot ausgebaut, zentrales Angebot waren die Culture.Walks. Auf Vermittlung des Landeskulturbeirates kam eine Initiative von Künstler*innen mit Asylstatus auf PANGEA zu. Daraus entstand eine politische als auch praktische Kooperation, im Zuge dessen ein Malworkshop entwickelt wurde.
2009 lag der Schwerpunkt auf dem Ausbau der Öffentlichkeitsarbeit, sowohl mit Kleinstprojekten als auch mit klassischen Werbemaßnahmen – wie etwa ein Imagefolder mit antirassistischer Postkarte und der besseren Nutzbarmachung der Website.
Seit 2010 gibt es PANGEA auch auf Facebook.
2011 wurde das Sprachcafé intensiviert und die Vernetzung mit anderen Kulturinitiativen und Kooperationspartner*innen gefestigt, wie etwa das Kartell, Kupfakademie, Kunstuniversität Linz und maiz.
2013 entstand die erste Ausgabe der GLOSS, ein Hochglanzmagazin der anderen Art, das sich mit der Lebensrealität von Frauen* und Mädchen* abseits gängiger Klischees auseinandersetzte. Mittlerweile gibt es fünf GLOSS-Hefte (Stand 2021).
Im Sommer 2017 zog PANGEA von der Marienstraße in die Dinghoferstraße. Der Vereinsvorstand wurde erweitert und die Bildung eines Beirats wurde gestartet.
2018 wurden mit den Sofagesprächen und Beruf: Künstler*in weitere Programmformate eingeführt und die Website erstrahlte in neuem Glanz.
2020 war ein turbulentes Jahr für PANGEA. Aufgrund der Corona-Pandemie musste der Verein für einige Monate geschlossen bleiben. PANGEA reagierte mit einer Umstellung auf Online-Angebote und konnte nach der Wiederöffnung eine Vielzahl von Veranstaltungen realisieren. Im Sommer 2020 zog PANGEA von der Dinghoferstraße in neue, größere und besser geeignete Räumlichkeiten in der Volksfeststraße 23.
PANGEA hofft, noch viele Jahre bestehen zu können und weiterhin ein Kunst- und Kulturprogramm für alle anbieten zu können.